Lựa chọn chỉ thị phân tử cho định loại cây ngập mặn bằng phương pháp mã vạch AND [DNA barcoding of the true mangrove plants, a selection of genetic markers]

Abstract

Trong phân loại thực vật, phƣơng pháp so sánh hình thái đƣợc xem là chính yếu nhƣng thƣờng gặp khó khăn vì đòi hỏi tính nguyên vẹn, đầy đủ các thành phần của mẫu vật. Bên cạnh đó, phƣơng pháp này nhiều khi gặp khó khăn khi các đặc điểm hình thái không có sự khác biệt rõ hoặc mang tính trung gian. “DNA barcoding” là một phƣơng pháp dựa trên trình tự ngắn của gen trực giao hay còn gọi là „DNA barcodes‟ và chỉ cần một lƣợng mẫu rất nhỏ cho phân tích. Nghiên cứu này dựa trên 59 trình tự ITS của cây ngập mặn bao gồm 55 trình từ lấy Ngân hàng gen và 4 trình tự có đƣợc từ ba loài thuộc chi Cóc (Lumnitzera) thu tại Huế và ven bờ Khánh Hòa. Bốn phƣơng pháp xây dựng cây phát sinh chủng loại bao gồm Maximum Likelihood, Neighbor Joining, Maximum Parsimony và Bayesian Inference đƣợc áp dụng. Kết quả nghiên cứu chỉ ra rằng mức độ định loại đến loài của chỉ thị ITS cao hơn sự kết hợp hai gen rbcL và matK nhƣ đề xuất trƣớc đó. Loài cóc hồng thu tại Huế không có khác biệt với loài cóc đỏ dựa trên chỉ thị ITS. Chỉ thị ITS nên đƣợc sử dụng nhƣ là DNA barcodes cho cây ngập mặn thay vì kết hợp hai gen rbcL và matK.